Прошло четыре года после того, как Наруто Узумаки стал Шестым Хокаге. Так же прошло два года с того момента, как закончилась кровавая война селений. Она была не очень долгой, но унесла много жизней... Как многим казалось война не повториться. Деревни договаривались о мире и помогали друг другу "зализывать раны". Деревни отстраивались и переводили дух.
В Отто произошло достаточно сильное изменение. Саске убил Орочимару и занял его место. Он немного изменился. Стал чуть добрее и спокойней. Его помощником стал Итачи.  После их битвы Итачи смог выжить, он рассказал Саске обо всём что знал... Они помирились и возглавили Скрытое Селение Звука.
Акацуки восстанавливались после пройгрыша конохи и готовились к мести. К ним присоединились Карин, Джуго и Суйгецу. Главным в организации стал Учиха Мадара. Акацуки не появлялись достаточно долгий промежуток времени. Они строили свои коварные планы и готоились к их исполнению.